Les inconvénients principaux de l'eutrophisation sont la diminution de la
biodiversité et de la qualité de l'eau en tant que ressource. Elle a des effets négatifs sur le tourisme (avec souvent comme conséquences visibles la perte de transparence, développement d'odeurs et envasement)
, qui sont des indices de problèmes :
augmentation du volume d'algue ;
augmentation de la biomasse du zooplancton gélatineux ;
dégradation des qualités organoleptiques de l'eau (aspect, couleur, odeur, saveur) ;
envasement plus rapide, et apparition de vase putride, sombre et malodorante.
développement de phytoplancton toxique ;
développement de pathogènes par diminution de la pénétration des UV qui ont un pouvoir désinfectant.
diminution de l'indice biotique ;
diminution de la biodiversité (animale et végétale) ;
- diminution du rendement de la pêche (quoique l'effet puisse être contraire) ;
Parfois les algues peuvent boucher les prises d'eau, les filtres, entraver le fonctionnement d'écluses voire du moteur de petits bateaux pour les
algues filamenteuses
